Thủy quân lục chiến Hoa Kỳ có nhiều căn cứ chính (14 trong số đó dành cho các lực lượng tác chiến), một số cơ sở huấn luyện và hỗ trợ cũng như một số cơ sở tiện tích vệ tinh.[91] Các căn cứ Thủy quân lục chiến được tập trung tại các nơi đóng quân của các Lực lượng Viễn chinh Thủy quân lục chiến mặc dù các đơn vị trừ bị nằm rải rác khắp Hoa Kỳ. Các căn cứ chính: Trại Pendleton bên duyên hải phía tây là nơi đóng quân của Lực lượng Viễn chinh Thủy quân lục chiến I; Trại Lejeune ở duyên hải phía đông là nơi đóng quân của Lực lượng Viễn chinh Thủy quân lục chiến II; và Trại Butler ở Okinawa, Nhật Bản là nơi đóng quân của Lực lượng Viễn chinh Thủy quân lục chiến III.

Các căn cứ khác gồm có các trạm không lực, các khu tuyển mộ tân binh, các căn cứ tiếp vận và bộ tư lệnh huấn luyện. Trung tâm Tác chiến Không-Bộ Thủy quân lục chiến Twentynine Palms ở California là căn cứ lớn nhất của Thủy quân lục chiến Hoa Kỳ và là căn cứ phức hợp nhất dành cho tập bắn đạn thật cho mọi loại vũ khí. Căn cứ Thủy quân lục chiến Quantico ở Virginia là nơi có Bộ tư lệnh Phát triển Tác chiến Thủy quân lục chiến, có biệt danh là "Ngã tư Thủy quân lục chiến".[92][93] Thủy quân lục chiến cũng có các phân đôi đóng quân tại các căn cứ của các quân chủng khác, nhất là để chia sẻ nguồn lực tốt hơn, thí dụ như các trường đào tạo chuyên môn. Thủy quân lục chiến cũng có mặt và hoạt động tại nhiều căn cứ tiền phương trong suốt các chiến dịch viễn chinh. Sau hết, Thủy quân lục chiến cũng có sự hiện diện tại Vùng Thủ đô Quốc gia với các tổng hành dinh nằm rải rác trong vùng trong đó có mặt tại Ngũ Giác Đài, Henderson Hall, Cơ xưởng Hải quân, và Trại Thủy quân lục chiến, Washington, D.C.